日本税制研究所

はしがき

 

　公益法人に関する税制は、その法制と伴に、我が国の社会の中で公益法人がどのような位置を占め、どのような役割を果たしていくのかを決める重要な鍵となるものである、といっても過言ではありません。

 

　従来、我が国においては、残念ながら、公益法人が十全に公益を担ってきたとは言い難い状況が続いてきました。

 

　公益法人に関する税制も、従来は、公益法人が普通法人と同じことを行うのであれば普通法人と同じように課税するという観点に立って作られており、公益法人が我が国の社会の公益を担うことができるようにするという観点に立って作られたものとは言い難い内容となっていました。この「課税する」という観点と「公益を担うことができるようにする」という観点は、いずれも不可欠な観点であることは間違いのないところですが、いずれに軸足を置いて制度を作るのかによって、自ずと制度の内容には違いが出てきます。

 

　この従来の公益法人の公益活動の十全とは言えない現実と従来の税制の公益活動の促進という観点の乏しさとは、鶏と卵の関係のように、相互に負の循環関係にあったと見ることもできるわけですが、このような関係を断ち切り、公益法人が我が国の社会の中で公益の担い手として大きく飛躍することができるようにするためには、税制を公益法人が公益を担うことができるようにするという観点に立って抜本的に見直しをすることが、最も近道で有効な手段ではないかと考えます。

 

　公益法人制度改革による新たな法人制度の創設に伴って行われた平成20年度改正は、新たな法人制度における法人に関する税制の創設とその法人に寄附を行う者に関する税制の整備等を行うものとなっていますが､この改正には､「民間が担う公益活動」を我が国の社会・経済システムの中で積極的に位置付けてその活動を促進するという観点の萌芽が認められます。

 

　この平成20年度改正においては、平成17年に政府税制調査会で示されていた課税を強化する路線が大きく修正され、非営利に課税をしないという理論的で国際的にも整合性のある方向を目指す一歩が印されたと考えます。

 

　ただし、一般社団法人・一般財団法人についてみなし寄付金の損金算入が認められないことや利子等に対する源泉所得税課税が行われることなど、平成20年度改正は、公益認定を受けられない従来の社団法人・財団法人にとっては、むしろ課税が強化される内容となっているのも、事実です。社団法人・財団法人の多くは一般社団法人・一般財団法人となって従来の活動を継続することとなると考えられますが、同じ活動を行っているにもかかわらず、課税が強化されることとなる点に対し、今後、税制が民間の公益活動を制約することとなるとの意見が出てくることも、あり得るのではないかと考えられます。

 

　また、平成20年度改正は、その対象範囲が主として公益社団法人・公益財団法人と一般社団法人・一般財団法人に限定されていることから、みなし見なし寄付金の取扱いや税率について、非営利事業体全体を見た場合に理論的に説明が困難な不整合を生じさせることとなったことも、否定できません。

 

　このような事情からすると、今後とも、引き続き、体系的で整合性のある非営利法人税制の構築に取り組むことが求められるものと考えます。

 

　本書は、主に公益法人等に関する税制として半世紀ぶりの抜本的な改正となった平成20年度改正後の制度の解説を行うものですが、作成に当たっては、特に、法令の規定に則した解釈を行うことと今後の改正の参考となる見解を述べることに努めており、これが本書の大きな特徴となっています。

 

　なお、本書では、法制の説明については概要に留めていますので、法制については、『新公益法人制度関係法令集』（法令出版）に収録した内開府公益認定等委員会のFAQ（質問と回答）などを併せて参照して下さい。

 

　本書が、公益法人の税務に携わる関係者や税理士の皆様方の日々の実務にわずかなりともお役に立つようであれば、幸いです。

　　平成20年７月
　　企業税制研究所　代表理事　朝長英樹

もくじ

Ⅰ　公益法人の税制……………………………………………………………………1

　第１章　公益法人の法制・税制の概要……………………………………………2

　　第１節　公益法人制度の概要……………………………………………………2
　　　１　公益法人の位置付け………………………………………………………2
　　　２　公益法人制度改革の経緯…………………………………………………4
　　　３　平成20年以後の公益法人制度の概要……………………………………5
　　　　（1）一般社団法人・一般財団法人に関する制度 ………………………5
　　　　（2）行政庁による公益認定制度 …………………………………………6
　　　　（3）中間法人制度の廃止 …………………………………………………6
　　　　（4）社団法人・財団法人の特例民法法人としての存続 ………………6

　　第２節　公益法人の税制の概要…………………………………………………8
　　　１　公益法人に対する法人税課税の沿革……………………………………8
　　　２　公益法人に対する法人税制の概要………………………………………10
　　　　（1）納税義務者 ……………………………………………………………10
　　　　（2）非営利型法人 …………………………………………………………10
　　　　（3）収益事業課税制度 ……………………………………………………11
　　　　（4）収益事業からの公益目的事業等の除外 ……………………………12
　　　　（5）みなし寄附金制度 ……………………………………………………13
　　　　（6）納税義務者の区分の変更の取扱い …………………………………13
　　　　（7）税率 ……………………………………………………………………14


　第２章　法人の類型別の税制………………………………………………………15

　　第１節　一般社団法人・一般財団法人…………………………………………15
　　　１　法制の概要…………………………………………………………………15
　　　２　法人税の取扱い……………………………………………………………17
　　　　（1）非営利型法人と営利型法人の区分 …………………………………17
　　　　（2）課税制度の仕組み ……………………………………………………25
　　　　（3）税率 ……………………………………………………………………26
　　　３　法人税以外の諸税の取扱い………………………………………………26
　　　　（1）所得税の取扱い ………………………………………………………26
　　　　（2）消費税の取扱い ………………………………………………………28
　　　　（3）登録免許税・地方税の取扱い ………………………………………31

　　第２節　公益社団法人・公益財団法人…………………………………………33
　　　１　法制の概要…………………………………………………………………33
　　　２　法人税の取扱い……………………………………………………………38
　　　　（1）　課税制度の仕組み …………………………………………………38
　　　　　　①　収益事業からの公益目的事業の除外……………………………38
　　　　　　②　みなし寄附金制度…………………………………………………41
　　　　（2）税率 ……………………………………………………………………46
　　　３　法人税以外の諸税の取扱い………………………………………………46
　　　　（1）所得税の取扱い ………………………………………………………46
　　　　（2）消費税の取扱い ………………………………………………………46
　　　　（3）登録免許税・地方税の取扱い ………………………………………47

　　第３節　社団法人・財団法人……………………………………………………49
　　　１　法制の概要…………………………………………………………………49
　　　　（1）公益社団法人・公益財団法人へと移行する場合 …………………49
　　　　（2）一般社団法人・一般財団法人へと移行する場合 …………………50
　　　２　法人税の取扱い……………………………………………………………52
　　　　（1）特例民法法人 …………………………………………………………52
　　　　（2）認可取消社団法人・認可取消財団法人 ……………………………54
　　　３　法人税以外の諸税の取扱い………………………………………………55
　　　　（1）所得税の取扱い ………………………………………………………55
　　　　（2）消費税の取扱い ………………………………………………………56
　　　　（3）登録免許税・地方税の取扱い ………………………………………56

　　第４節　中間法人………………………………………………………………59
　　　１　法制の概要…………………………………………………………………59
　　　２　法人税の取扱い……………………………………………………………61
　　　　（1）有限責任中間法人の移行 ……………………………………………61
　　　　（2）無限責任中間法人の移行 ……………………………………………63
　　　３　法人税以外の諸税の取扱い………………………………………………64
　　　　（1）所得税の取扱い ………………………………………………………64
　　　　（2）消費税の取扱い ………………………………………………………65
　　　　（3）登録免許税・地方税の取扱い ………………………………………65

　　第５節　社会医療法人……………………………………………………………67
　　　１　法制の概要…………………………………………………………………67
　　　２　法人税の取扱い……………………………………………………………69
　　　　（1）納税義務及び課税所得の範囲 ………………………………………69
　　　　（2）みなし寄附金制度の適用等 …………………………………………70
　　　　（3）納税義務者の区分の変更に伴う取扱い ……………………………70
　　　　（4）税率 ……………………………………………………………………71
　　　　（5）医療法人の設立・移行時の取扱い …………………………………71
　　　　　　①　医療法人の設立時の資産の贈与等に係る取扱い………………72
　　　　　　②　持分の定めのある社団医療法人が持分の定めのない
　　　　　　　療法人となる場合の取扱い…………………………………………73
　　　３　法人税以外の諸税の取扱い………………………………………………74
　　　　（1）所得税の取扱い ………………………………………………………74
　　　　（2）消費税の取扱い ………………………………………………………74
　　　　（3）登録免許税・地方税の取扱い ………………………………………74

　　第６節　特定非営利活動法人（ＮＰＯ法人）…………………………………76
　　　１　法制の概要…………………………………………………………………76
　　　　（1）特定非営利活動とＮＰＯ法人 ………………………………………76
　　　　（2）NPO法人の設立等………………………………………………………78
　　　２　法人税の取扱い……………………………………………………………79
　　　　（1）ＮＰＯ法人の課税の仕組み …………………………………………79
　　　　（2）認定ＮＰＯ法人の課税の仕組み ……………………………………79
　　　　　　①　認定ＮＰＯ法人……………………………………………………79
　　　　　　②　認定ＮＰＯ法人に対するみなし寄附金…………………………83
　　　３　法人税以外の諸税の取扱い………………………………………………84
　　　　（1）所得税の取扱い ………………………………………………………84
　　　　（2）消費税の取扱い ………………………………………………………84
　　　　（3）登録免許税・地方税の取扱い ………………………………………84

　　第７節　その他の公益法人等（学校法人・社会福祉法人・宗教法人等）…86

　　第８節　人格のない社団等………………………………………………………88

　　第９節　外国公共法人・外国公益法人等………………………………………90
　　　１　平成20年度改正前の取扱い………………………………………………90
　　　　（1）外国公共法人 …………………………………………………………90
　　　　（2）外国公益法人等 ………………………………………………………90
　　　　（3）外国法人である人格のない社団等 …………………………………90
　　　２　平成20年度改正後の取扱い………………………………………………91


　第３章　収益事業課税制度…………………………………………………………92

　　第１節　収益事業に係る所得の金額の計算等…………………………………92
　　　１　区分経理……………………………………………………………………92
　　　２　収益事業の元入金…………………………………………………………93
　　　３　収益事業以外の事業に属していた資産・負債の帳簿価額……………95
　　　４　費用・損失の区分経理……………………………………………………96
　　　　（1）直接費等 ………………………………………………………………96
　　　　（2）共通経費等 ……………………………………………………………96
　　　　（3）内部利子・賃借料 ……………………………………………………97
　　　　（4）収益事業に専属する借入金等の利子 ………………………………97
　　　５　公益法人等の行った低廉譲渡等の取扱い………………………………97
　　　６　収益事業に係る固定資産の処分損益……………………………………98
　　　７　公益法人等が収受する借地権利金等……………………………………99
　　　８　公益法人等が収受する補助金等の収入…………………………………99

　　第２節　収益事業の範囲…………………………………………………………100
　　　１　収益事業の判定……………………………………………………………107
　　　　（1）事業場を設けて行われるものであること …………………………107
　　　　（2）継続して行われるものであること …………………………………107
　　　　（3）収益事業に含まれる付随行為 ………………………………………108
　　　　（4）収益事業に該当する委託契約等による事業 ………………………109
　　　　（5）収益事業に該当する共済事業 ………………………………………109
　　　２　収益事業から除外されている事業………………………………………110
　　　３　収益事業の具体的な範囲…………………………………………………111
　　　　（1）物品販売業 ……………………………………………………………111
　　　　（2）不動産販売業 …………………………………………………………113
　　　　（3）金銭貸付業 ……………………………………………………………116
　　　　（4）物品貸付業 ……………………………………………………………118
　　　　（5）不動産貸付業 …………………………………………………………119
　　　　（6）製造業 …………………………………………………………………123
　　　　（7）通信業 …………………………………………………………………124
　　　　（8）運送業 …………………………………………………………………125
　　　　（9）倉庫業 …………………………………………………………………125
　　　　（10）請負業…………………………………………………………………126
　　　　（11）印刷業…………………………………………………………………129
　　　　（12）出版業…………………………………………………………………129
　　　　（13）写真業…………………………………………………………………131
　　　　（14）席貸業…………………………………………………………………131
　　　　（15）旅館業…………………………………………………………………132
　　　　（16）料理店業その他の飲食店業…………………………………………134
　　　　（17）周旋業、代理業、仲立業、問屋業…………………………………135
　　　　（18）鉱業、土石採取業……………………………………………………136
　　　　（19）浴場業…………………………………………………………………136
　　　　（20）理容業・美容業………………………………………………………137
　　　　（21）興行業…………………………………………………………………138
　　　　（22）遊技所業………………………………………………………………139
　　　　（23）遊覧所業………………………………………………………………140
　　　　（24）医療保健業……………………………………………………………140
　　　　（25）技芸教授業……………………………………………………………146
　　　　（26）駐車場業………………………………………………………………149
　　　　（27）信用保証業……………………………………………………………149
　　　　（28）無体財産権提供事業…………………………………………………150
　　　　（29）労働者派遣業…………………………………………………………151
　　　　（30）その他（独立した付随行為）………………………………………151


　第４章　納税義務者の区分の変更の取扱い………………………………………153

　　第１節　特定普通法人が公益法人等となる場合の取扱い……………………153

　　第２節　特定公益法人等が普通法人となる場合の取扱い……………………159
　　　１　累積所得金額と累積欠損金額の計算……………………………………161
　　　２　累積所得金額と累積欠損金額の調整……………………………………163
　　　　（1）公益社団法人・公益財団法人が営利型法人となる場合の
　　　　　　取扱い……………………………………………………………………163
　　　　（2）特例民法法人等が営利型法人となる場合の取扱い ………………168

　　第３節　納税義務者の区分の変更が生じない場合の取扱い…………………173
　　　１　社団法人・財団法人が特例民法法人となる場合………………………173
　　　２　特例民法法人が公益社団法人・公益財団法人となる場合……………173
　　　３　特例民法法人が非営利型法人となる場合………………………………174
　　　４　有限責任中間法人が営利型法人である一般社団法人となる場合……174
　　　５　無限責任中間法人が特例無限責任中間法人となる場合………………175
　　　６　特例無限責任中間法人が営利型法人である一般社団法人となる
　　　　場合……………………………………………………………………………175
　　　７　非営利型法人が公益社団法人・公益財団法人となる場合……………176
　　　８　公益社団法人・公益財団法人が非営利型法人となる場合……………177

　　第４節　法人類型の変更と申告等の取扱い……………………………………178


　第５章　公益法人等の組織再編成に係る税制……………………………………179

　　第１節　組織再編成に係る法制の取扱い………………………………………179
　　　１　民法における統合（合併）………………………………………………179
　　　２　公益法人改革法における合併……………………………………………179
　　　　（1）一般社団法人・一般財団法人の合併 ………………………………180
　　　　（2）公益社団法人・公益財団法人の合併 ………………………………180
　　　　（3）特例民法法人の合併 …………………………………………………181
　　　　（4）移行法人の合併 ………………………………………………………181

　　第２節　組織再編成に係る税制の取扱い………………………………………182
　　　１　適格要件の判定……………………………………………………………182
　　　２　資産等の譲渡・引継ぎに関する取扱い…………………………………184
　　　３　合併に伴う納税義務者の区分の変更の取扱い…………………………187
　　　　（1）公益法人等が特定普通法人を被合併法人とする適格合併を
　　　　　　行う場合…………………………………………………………………187
　　　　（2）普通法人が特定公益法人等を被合併法人とする適格合併を
　　　　　　行う場合…………………………………………………………………188
　　　　　　①　合併前累積所得金額と合併前累積欠損金額の計算……………190
　　　　　　②　合併前累積所得金額と合併前累積欠損金額の調整……………190


　第６章　届出・申請及び申告……………………………………………………194

　　第１節　届出・申請………………………………………………………………194
　　　１　法人税………………………………………………………………………194
　　　　（1）収益事業を開始した場合等の届出 …………………………………194
　　　　（2）納税義務者の区分の変更があった場合 ……………………………196
　　　　（3）評価方法等を変更しようとする場合 ………………………………196
　　　　（4）収益事業を中断していた公益法人等が収益事業を再開した
　　　　　　場合………………………………………………………………………197
　　　２　消費税………………………………………………………………………197

　　第２節　申告………………………………………………………………………199
　　　１　法人税………………………………………………………………………199
　　　　（1）確定申告 ………………………………………………………………199
　　　　（2）中間申告 ………………………………………………………………199
　　　　（3）損益計算書等の提出 …………………………………………………200
　　　　（4）認定ＮＰＯ法人の事業報告書等の提出 ……………………………200
　　　２　消費税………………………………………………………………………200
　　　　（1）確定申告 ………………………………………………………………200
　　　　（2）中間申告 ………………………………………………………………200



Ⅱ　寄附者の税制………………………………………………………………………202

　第１章　法人税の取扱い（寄附金の損金不算入）………………………………204
　　　１　損金算入限度額……………………………………………………………205
　　　２　指定寄附金等・特定公益増進法人等に対する寄附金の範囲…………208


　第２章　所得税の取扱い……………………………………………………………210

　　第１節　資産の贈与等に係る譲渡所得等の取扱い……………………………210
　　　１　公益目的事業を行う法人への贈与等に係る譲渡所得等の非課税……210
　　　２　公益目的事業を行う法人への贈与等に係る承認が取り消された
　　　　場合の取扱い…………………………………………………………………211
　　　　（1）贈与等を行った者（個人）に対する課税 …………………………211
　　　　（2）贈与等を受けた者（公益目的事業を行う法人）に対する課税 …212
　　　３　公益目的事業を行う法人の範囲…………………………………………213

　　第２節　寄附金控除の取扱い……………………………………………………214
　　　１　概要…………………………………………………………………………214
　　　２　特定寄附金の範囲…………………………………………………………215
　　　３　特定寄附金の額……………………………………………………………217
　　　　（1）財産の贈与等をした場合の譲渡所得等の非課税の特例の適用を
　　　　受ける場合……………………………………………………………………217
　　　　（2）財産の贈与等をした場合の譲渡所得等の非課税の特例が取り消
　　　　された場合……………………………………………………………………218


　第３章　相続税・贈与税の取扱い…………………………………………………220

　　第１節　公益目的事業用財産の相続等の非課税………………………………221
　　　１　公益目的事業用財産の相続等をした場合の
　　　　非課税（相続税・贈与税）…………………………………………………221
　　　２　公益目的事業を行う法人に対して相続財産を贈与した場合等の
　　　　非課税（相続税）……………………………………………………………222

　　第２節　持分の定めのない法人に対する贈与等に係る租税回避防止規定…225
　　　１　持分の定めのない法人に対する課税（相続税・贈与税）……………225
　　　２　持分の定めのない法人から受ける特別の利益に対する
　　　　課税（相続税・贈与税）……………………………………………………229



Ⅲ　信託税制……………………………………………………………………………231

　第１章　公益法人と信託……………………………………………………………231

　　第１節　信託とは…………………………………………………………………231

　　第２節　信託の税制の概要………………………………………………………233
　　　１　受益者等課税信託…………………………………………………………233
　　　２　集団投資信託………………………………………………………………233
　　　３　法人課税信託………………………………………………………………234

　　第３節　公益法人等が受益者等課税信託の受益者となった場合……………236
　　　１　信託設定時の委託者の課税の概要………………………………………236
　　　２　公益社団法人・公益財団法人を受益者とする場合の個人委託者の
　　　　取扱い…………………………………………………………………………236
　　　３　公益社団法人・公益財団法人を受益者とする場合の法人委託者の
　　　　取扱い…………………………………………………………………………237
　　　４　公益社団法人・公益財団法人が受益者となった場合の取扱い………238
　　　５　非営利型法人を受益者とする場合の個人委託者の取扱い……………239
　　　６　非営利型法人を受益者とする場合の法人委託者の取扱い……………240
　　　７　非営利型法人が受益者となった場合の取扱い…………………………240
　　　８　営利型法人が受益者となった場合の取扱い……………………………241

　　第４節　公益社団法人・公益財団法人が受益者の存在しない信託
　　　　（法人課税信託）の受託者となった場合…………………………………242
　　　１　受益者の存在しない信託の取扱い………………………………………242
　　　２　公益社団法人・公益財団法人が受益者の存在しない信託の受託者
　　　　となった場合の取扱い………………………………………………………243


　第２章　公益信託……………………………………………………………………245

　　第１節　公益信託とは……………………………………………………………245

　　第２節　公益信託の税制の概要…………………………………………………247

　　第３節　公益信託の税制の各論…………………………………………………249
　　　１　公益信託設定時の取扱い…………………………………………………249
　　　　（1）委託者が個人の場合 …………………………………………………249
　　　　（2）委託者が法人の場合 …………………………………………………250
　　　２　信託期間中の取扱い………………………………………………………250
　　　　（1）委託者が個人の場合 …………………………………………………250
　　　　（2）委託者が法人の場合 …………………………………………………250
　　　３　助成金等の受給者の取扱い………………………………………………251
　　　　（1）受給者が個人の場合 …………………………………………………251
　　　　（2）受給者が法人の場合 …………………………………………………251
　　　４　委託者が死亡した場合の相続人等の取扱い……………………………251